La ville se développe autour de trois pôles: le palais comtal, la cathédrale Saint-Sauveur et de nouveaux quartiers artisanaux et marchands.

Elle déborde de ses anciens remparts avec l'installation de nombreux couvents dont le plus célèbre est celui des Hospitaliers de Saint Jean de Malte, future sépulture des Comtes.

De cette époque, la ville a gardé son enceinte circulaire, se déroulant à partir du vieux Bourg Saint Sauveur.

En 1409, Louis II d'Anjou fonde l'Université. Sous le règne de son fils, René (1409-1480), Aix se dote d'une administration efficace et devient un foyer de création artistique. Cet âge doré a sans doute contribué à la légende de la Reine Jeanne et du "bon Roi René", dont la statue est toujours présente en haut du Cours Mirabeau.

Un an après sa mort, la Provence est rattachée au Royaume de France. Mais pendant deux siècles, la ville refuse la politique centralisatrice de la monarchie.